MTÜ asutamislepingu eelnõu kohaselt on Saarte Energiaagentuuri eesmärk Eesti saartel energiakasutuse paremaks muutmine avalikus sektoris, kodudes ja ettevõtetes, era- ja väliskapitali kaasamine energiaprojektide mõju suurendamiseks, kogukondade energiateadlikkuse tõstmine ja energiaühistutesse kaasamine. Ühtlasi aitab agentuur käivitada säästva energia investeeringud ning ette valmistada energiatõhususe lepinguid.
Saarte Energiaagentuuri tegevus on suunatud elamutele, hoonete energiaallikatele, kaugküttevõrkudele, veeteenustele, sadamatele, puhtale ja energiatõhusale ühistranspordi taristule, ettevõtete energiasäästikkusele ja heitmete vähendamisele. Lisaks on eesmärgiks taastuvenergia tootmine, elektri- ja vesinikuühenduste parandamine ning energia salvestus, sealhulgas vesinikturu käivitamine.